수입검사 방법에는 견본검사, 세관장검사, 파출검사가 있다. 견본검사는 ① 수입물품의 성질, 수량, 장치장소, 수입자의 신용도 등을 감안하여 수량확인이 중요시되지 않는 물품으로서 견본검사하여도 검사목적 달성이 가능한 경우 ② 수량확인 필요시에는 파출검사를 실시하고 ③ 견본(채취한 견본에 한함)은 검사 및 심사완료후 즉시 반려한다. 세관장검사(관세법 제77조 제 2조 2항)의 경우에는 일부 수량의 검사만으로 검사목적 달성이 가능하다고 판단되어 세관장이 정한 물품(타장물품제외)에 대한 검사이다. 파출검사는 검사방법 적용이 곤란한 물품에 대해 실시하며 효율성을 위해 세관원이 상주한다.