평균세액증명서는 복잡한 규격의 원재료를 HS10단위로만 구분하여 HS10단위내에 포함되는 모든 원재료는 동일한 것으로 간주하고 규격별로 각각 다르게 납부한 세액의 평균치를 산정하여 그 평균치를 환급함으로써 환급 절차를 보다 간편하게 하기 위하여 85.1.1 신설된 제도이다. 평균세액증명서 발급대상은 당해 월에 수출용으로 수입하거나 내국신용장 등에 의하여 매입한 전량이 되며 HS10단위별로 발급한다. 평균세액증명서를 발급 받고자 하는 자는 평균세액증명서 발급신청전에 세관장에게 평균세액증명서 발급대상 물품지정을 사업자등록증상의 사업자등록번호의 구분에 의한 사업자별로 신청하여 지정을 받아 평균세액증명(신청)서에 수입면장 및 기초원재료납세증명서를 제출하면 된다. 평균세액증명서로 환급을 받고자 할 때에는 평균세액증명서 발급기관에 신청하여야 한다. 다만 평균세액증명서 발급물품 지정시 환급은행을 환급기관으로 정한 경우에는 환급은행에 환급신청을 하면 된다.