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1. 의의
정액환급율표의 적용대상이 되지 않는 수출품목에 대하여는 개별환급 방법에 의하여 환급액을 산출하여야 되는데 개별환급이란 수출 등에 공한 물품을 제조하는데 소요된 원재료의 수입 시 납부한 관세 등의 세액을 소요 원재료별로 확인, 합계하여 환급금을 산출하는 방법을 말한다.
2. 적용대상
정액환급 대상물품이 아닌 수출물품
3. 환급금의 산출
개별환급에 의하여 환급금을 산출하기 위해서는 우선 물품이 환급대상수출에 해당되는지를 수출 신고필증, 물품반입확인서, 납품완료증명서, 공사완료증명서 등에 의하여 확인한 후, 수출물품을 생산하는데 소요된 원재료의 품명, 규격, 수량은 업체가 자율적으로 산정하여 작성한 소요량 계산서에 의하여 확인한다. 그런 후에 수출물품을 생산하는 데 소요된 원재료의 수입 시 납부세액을 수입신고 필증, 기납증, 분할증명서 등에 의하여 확인한 후 환급금을 산출한다.
☞ 소요량 계산서 작성업체는 환급신청 전에 환급신청세관장에게 소요량 산정방법 등 신고서에 따라 신고해야 한다
<소요량 계산의 근거자료>

① 제조사양서 및 제조공정도
② 원재료 수불대장
③ 제품수불대장
④ 부산물 수불대장(부산물 발생 경우에 한함)
⑤ 소요량계산서철 등
※ 위의 근거자료는 환급신청일로부터 5년간 보관해야 한다.

4. 개별환급금의 지급제한
① 국산원재료 사용촉진을 위한 환급제한
② 세율인하물품에 대한 환급제한
③ 농림축산물에 대한 환급제한
④ WTO협정에 의한 양허세율이 인하된 물품에 대한 환급제한
5. 평균세액증명제도
(1) 의의
평균세액증명제도란 수출물품 제조업체에서 해당 월에 외국으로부터 수입하거나 내국신용장 등에 의하여 국내에서 매입한 수입원재료를 HSK10단위별로 규격을 통합하고 환급대상 전체물량의 평균세액을 산출하여 세관장이 증명해주는 제도로서 평균세액증명서상의 원재료는 그 물품이 수입한 날이 속하는 달의 초일에 수입된 것으로 본다.
(2) 평균세액증명서의 발급
평균세액증명서는 월별 순서에 따라 당해 월에 수입하거나 내국신용장 등에 의하여 매입한 수출용원재료 전량에 대하여 HS10단위별로 일괄발급하는 것을 원칙으로 하고 있으나 다음의 경우에는 예외적으로 추가 발급이 가능토록 하고 있다.

① 수출용원재료의 수입 시 세번 분류 오류로 인하여 최초 발급신청에서 누락된 경우
② 수입신고필증 등의 분실 등으로 인하여 최초 발급에서 누락된 경우
③ 평균세액증명서의 발급 후에 수출용원재료에 대한 관세 등이 추징되어 추징된 세관에 대하여 추가 발급신청하는 경우
④ 기타 세관장이 추가 발급함이 타당하다고 인정하는 경우

6. 부산물공제제도
(1) 의의
수출물품 제조과정에서 경제적 가치가 있는 부산물이 발생하는 경우 손모율로 인정된 부분에서 부산물이 발생함에도 소요된 수입원재료의 납부세액 전부를 환급함은 형평의 원칙에 맞지 않을 뿐만 아니라 사실상 수출되지 않은 동 부산물 제조용 원재료에 대하여도 관세 등을 환급함은 부당하므로 원재료 수입시 납부한 관세 등의 금액에서 부산물의 가치에 해당하는 세액을 공제한 후 잔액을 환급 하는데 이를 부산물 공제제도라고 한다.
(2) 공제비율 산출공식
부산물공제비율 = AC / B+D / D
A : 부산물이 발생하는 공정에서 생산된 제품의 가격
B : 환급을 받고자하는 원재료 중 부산물이 발생하는 공정에 소요된 원재료의 가격
C : 부산물을 발생시킨 원재료의 가격
D : 부산물의 가격(다만, 위의 A, B의 가격을 산정하기 곤란한 경우에는 D/C로, 위의 A, B, C, D 의 가격을 산정하기 곤란한

경우에는 부산물 발생비율로 부산물 공제비율을 대신할 수 있음)

(3) 원재료의 가격

원재료의 가격은 당해 원재료가 수입된 경우에는 그 수입가격, 당해 원재료가 국내 구입된 경우에는 그 구입가격, 환급신청일이 속하는 월로부터 소급하여 6월 이내의 수입가격 중 가장 최근의 수입가격, 환급신청일이 속하는 월로부터 소급하여 6월 이내의 국내 구입가격 중 가장 최근의 구입가격 순으로 한다.

☞ 위탁가공 수출에 대한 관세환급
① 위탁가공 수출입승인서상 수출물품과 수입물품의 HS10단위가 다른 경우 당해 위탁가공을 위하여 수출한 물품

(대부분 원재료 또는 반제품)을 일반 수출과 동일하게 취급하여 소요원재료에 대하여 환급
가공된 물품이 재수입되는 경우에는 재수입 면세가 적용되지 않고 그대로 제품에 과세되며 제품에 과세된 물품이 추후 다시 수출이 된다면 환급이 되는 것은 당연

② 수출물품과 수입물품이 HS10단위가 동일하나 재수입 면세가 되지않고 과세되는 경우 가공 또는 수리할 목적으로 수출한 후 다시

수입하는 물품에 대한 재수입 면세의 적용에 있어서 「가공」의 범위에 대하여 가공하기 전의 물품성질 및 형태와 동질동형을 유지할 수 있는 정도의 단순한 가공만을 뜻한다는 기획재정부 유권해석에 따라 위탁가공수출 시 재수입 물품의 재수입면세는 매우 제한적으로 적용되고 따라서 단순가공 초과시에는 가공제품 과세가 많아지게 된다.
재수입시 과세된 물품이 국내에서 내수판매되면 당초 위탁가공 수출된 분(제조에 소요된 원재료)에 대하여 환급이 인정되며, 재수입시 과세된 가공품이 원상태 또는 가공되어 수출될 경우엔 당초 원재료 수입분과 재수입가공품 수입품에 대한 관세 등이 모두 환급된다. 즉 2회 수입(관세), 2회 수출이기 때문에 모두 환급해주는 것이다.

③ 수출물품과 수입물품의 HS10단위가 동일하고 재수입 면세가 적용되는 경우 위탁가공 수출된 물품에 대해 재수입면세가 적용되어

가공임에 대하여만 과세되는 경우이다. 재수입면세 시엔 당초 위탁가공을 위하여 수출한 물품에 대한 수출신고필증을 제출받아 당해 수출물품에 대한 관세 등 환급여부를 확인한 후 수입신고 수리. 수출물품 제조에 소요된 원재료에 대해 관세환급을 받았다면, 환급분을 추징한다.
재수입 가공물품이 내수판매되는 경우는 위탁가공수출에 대한 환급의 여지가 없으나, 재수입 가공물품이 원상태 또는 추가가공되어 수출되는 경우엔 당초 원재료 수입분과 가공임 분에 대한 관세 등이 환급된다.

④ 위탁가공 수출물품이 가공되어 현지에서 판매되거나 제3국 재수출시

관세환급에 있어서 수출물품의 HS세번이 다른 경우에는 앞에서 언급한 바와 같이 위탁가공 수출에 대하여 바로 환급이 되기 때문에 다시 또 환급대상이 될 수 없으며, HS세번이 동일한 경우에도 현지에서 판매하거나 제3국으로 수출할 때에는 환급토록 명시하고 있다.

수출용원재료에 대한 관세 등 환급사무처리에 관한 고시

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