AEO 공인업체에 대해서는 다양한 통관상의 혜택이 부여되는데, 기본적으로 화물검사 비율 축소, 관세납부 편의 제공, 신고절차 간소화, 심사면제 등이 있다. 다만, 이러한 혜택은 업체 유형 및 AEO 공인 등급의 수준에 따라 차등 적용된다. 또한 현재의 혜택부여가 개별 업체별로 제공되고 있으나, 궁극적으로 향후 이러한 혜택은 수출입 공급망의 모든 업체가 AEO 기준을 충족했을 때 적용될 뿐만 아니라 혜택의 범위도 더욱 커질 것이다. 따라서 이러한 혜택이 지속되고, 더 많은 혜택을 받기 위해서 AEO 공인업체들은 향후 거래업체와의 관계를 통해 협력업체들이 AEO 공인을 받도록 유도하는 것이 중요하다.