(1) 과세대상의 판단

① 세관장으로부터 받는 관세환급금

수출업자 또는 내국신용장에 의하여 완제품을 수출업자에게 공급한 자가 세관장으로부터 직접 받는 관세환급금과 수출품생산업자가 수출대행업자로부터 받는 관세환급금은 과세하지 아니한다. 이는 수입시 부담한 관세를 환급받는 것으로 대가관계가 없기 때문에 부가가치세 과세대상이 아니다. 따라서 영세율 적용대상이 아니다.

② 수출업자로부터 받는 관세환급금

내국신용장에 의하여 재화를 수출업자 또는 수출품생산업자에게 공급하고 자기가 부담한 수입관 세를 당해 수출업자 또는 수출품생산업자로부터 그 대가의 일부로 받는 관세환급금은 영의 세율을 적용한다. 이는 대가관계가 있는 것으로 부가가치세 과세대상이다.

(2) 세금계산서의 발급① 사업자가 수입원재료를 사용하여 제조 또는 가공한 재화를 내국신용장에 의하여 수출업자에게 공급하고 수출업자로부터 당해

수입원재료에 대한 관세환급금을 받는 경우에 당해 관세환급금은 대가의 일부로서 영세율 과세표준에 산입되므로 세금계산서를 발급하여야 한다.

② 내국신용장에 의한 재화의 공급시 공급대가에 포함된 관세환급금 상당액이 추후 수출업자가 세관장으로부터 환급받은 관세환급금과

상이하여 그 차액을 정산하는 경우에는 당해 금액이 확정되는 때에 영 제59조의 규정에 의하여 수정세금계산서를 발급한다.

③ 관세환급금을 수출업자가 환급받아 내국신용장에 의하여 납품한 자에게 지급하는 경우의 세금 계산서 교부 시기는 원칙적으로 재화의

공급시기에 교부하여야 하는 것이나, 그 금액 중 일부가 확정되지 아니한 경우에는 세관으로부터 관세환급금이 통지되었을 때 교부할 수 있는 것이다.

④ 내국신용장에 의하여 재화를 공급하고 그 대가의 일부로서 받는 관세환급금에 대한 세금계산서는 원칙적으로 재화의 공급시기에

교부하여야 하는 것이나, 당해 재화의 공급시기에 관세환급금이 확정되지 아니한 경우에는 당해 관세환급금이 추후 확정되는 때에 수정세금계산서를 교부하여야 하는 것이며, 다만 당해 거래처에 대하여 부가가치세법 시행령 제54조의 규정에 의한 월합계세금 계산서를 교부하는 경우에는 당해 관세환급금도 동 관세환급금이 추후 확정되는 날이 속하는 달의 월합계세금계산서의 공급가액에 포함하여 월합계로 교부하여야 하는 것이다.